针对我国水污染发生的特点现状以及产生以下几个方面着手建立水资源保护区。水污染防治法明确规定县级以上人民政府可以对生活饮用水源地，风景名胜区水体，重要渔业水体和其他具有特殊经济文化价值的水体划定保护区，保护区不得新建排污口，原有排污口排放污水必须达到排放标准，危害饮用水源的排污口应当搬迁。
根据这规定，各地应当有计划地建立各种类型和不同级别的水资源保护区，并采取有效的措施加以保护。是要建立河流水资源保护区。在保护1内，严，向河道随意排放超标污染物乱倒杂物和垃圾，排污口要集中科学设置，并配套处理设施，做到先处理净化，达标以后再排放，未经过有关水行政部门批准，律不准乱开排污口乱设垃圾堆。要加大有关水污染防治法水法河道赀理条例等法规的执法力度，加强对河道的管理巡查和整治工作，切实把河流立山区水资源保护区。山区的经济活动般都是资源开发塑的，其水资源保护的主要任务是防止水土流失矿产开采中的水资源破坏和其他途径造成的水资源污染。只要防止或减轻山区的土壤侵蚀和矿产开采中的水资源破坏，水质将会得到较好的保护，因此，为了有效地保护山区水资源，应当有计划地划分水资源保护区，禁止乱砍滥伐森林，关闭整顿有污染的企业。是建立平原水资源保护区。平原地区的经济和社会活动频繁，生产型和加工型企业居多，工农业生产的废水和城市生活污水是造成该地区水域污染维修改造和建设，提高水资源的利用效率。是建立水利工程库区的水资源保护区。在水利工程建设过程中，要相应地建立水质监测系统和排污总量控制系统以及人畜排泄旅游垃圾的回收系统，并将其纳人工程总体管理系统之中；建立配套的污染控制工程系统和管理措施，如污水径流的拦截和防渗工程；建立工程上游及周围的防护林工程体系，减少水灾害。
抓好水污染的控制。是要重点抓好企业污染源的控制治理。目前来看，水资源的主要污染源来自企业，因此，必须着重加强企业污染造增加污水处理设施和必要的环保投资等途径，最终实现清洁生产和零排放；对于有毒污染物必须在厂内处理，对毒性轻微的污染物可以汇人城市污水厂进行集中处理；对于新建企业必须严格审查环保项目内容，污染处理设施定要配套；对于污染严重的行业必须实行产业管制，般拒绝进人，非建不可的，必须有相应的可以治污达标的环保设施。是要保护水体不受污染。禁止向水体排放油类酸液碱液或剧毒废液放射性物质的固体废弃物和废水含毒性化合物工业废渣以及城市垃圾等；禁止在水体中清洗装储过油类或毒性污染物的车辆和容器；禁止在江河湖泊运河渠道水库最高水位线以下的滩地和岸坡堆放存储废弃物和其他污染物。是要防止地下水的污染。禁止利用渗坑渗井裂隙和溶洞排放倾倒含有有毒污染物的废水含病源体的污水和其他废弃物；禁止利用无防护渗漏措施的沟渠坑塘输送或者存储废污水；兴建地下水工程设施或进行地下勘探采矿等活动，应采取防护性措施；人工回灌补给地下水时，不得恶化地下水质。
加强污水的资源化利用。污水再利用有许多优点，既能节约大量新鲜水，缓解工业农业和城市用水的压力，又可以大大减轻水体污染的程度，保护天然水资源。污水经过净化处理后，可以用做个方面是回用于工业，如冷却水锅炉供水生产工艺供水以及其他非生活用水。
